Scholengemeenschap Zoniën is een feitelijke vereniging die wordt bestuurd door het  “Comité van Afgevaardigden van Schoolbesturen van de Scholengemeenschap” (CASS). 

Onderstaande vertegenwoordigen hun schoolbestuur in het CASS.

De dagelijkse leiding van de scholengemeenschap wordt toevertrouwd aan het "College van Directeurs" (COLDI). Dit college formuleert beleidsvoorstellen voor het CASS. Het geeft tevens uitvoering aan de beslissingen van het CASS.